La FENACOBU a son siège social au centre du pays en province de Gitega.
Pour des raisons de décentralisation de la gestion, la FENACOBU couvre les 18 provinces du Burundi et est subdivisée en six Antennes Régionales à savoir:
- Gitega,
- Bujumbura,
- Muyinga,
- Ruyigi,
- Ngozi
- Makamba.
